Роддом №3 Уфы имеет в своей структуре следующие отделения: приемно-смотровое, акушерское отделение, родильный блок, отделение патологии беременных, отделение новорожденных, реанимационно-анестезиологическое отделение, операционный блок, клинико-диагностическую лабораторию, отделение ультразвуковой диагностики, амбулаторную службу, представленную 2 женскими консультациями.